Pada periode 1817-1826, istana ini ditambah kompleks kebun yang saat ini dikenal dengan Kebun Raya Bogor yang diresmikan pada tanggal 18 Mei 1817.
Istana Bogor juga sempat luluh lantak akibat gempa bumi yang terjadi pada tanggal 10 Oktober 1834.
Gempa itu membuat istana harus dibangun ulang, dengan gaya arsitektur baru yang mencerminkan arsitektur Eropa Abad IX.
Pembangunan baru ini selesai pada masa pemerintahan Gubernur Jenderal Charles Ferdinand Pahud de Montager (1856-1861).
Hingga pada tahun 1870, Istana Buitenzorg ditetapkan sebagai kediaman resmi Gubernur Jenderal Belanda.
Baca juga: Asal-usul Istana Bogor, dari Buitenzorg hingga Jadi Tempat Kediaman Presiden
Berikut ini kompleks bangunan yang ada pada Istana Bogor:
1. Gedung Induk: Ruang Teratai
Gedung Induk memiliki luas sekitar 500 meter persegi. Gaya arsitektur gedung ini masih sama seperti saat pertama kali dibangun, yaitu gaya Bleinheim Palace Inggris.
Dalam Gedung Induk terdapat beberapa ruangan, yaitu Ruang Teratai, Ruang Garuda, Ruang Film, Ruang Makan, Ruang Kerja, Ruang Perpustakaan, Ruang Raja dan Ruang Panca Negara.
Gedung Induk ini juga disebut dengan nama Ruang Teratai karena adanya lukisan bunya teratai sedang mekar di salah satu sisi dindingnya.
Lukisan berjudul Teratai itu merupakan karya CL Dake Jr pada tahun 1952.
2. Gedung Induk: Ruang Garuda
Ruang Garuda masih ada di dalam kompleks Gedung Induk Istana Bogor.
Dinamakan Ruang Garuda karena di dalamnya terdapat lambang Garuda Pancasila berukuran raksasa yang tergantung di salah satu sisi dindingnya.
Ruang Garuda dan Ruang Teratai dihubungkan dengan ruangan yang kedua ujungnya diapit sepasang pilar.
Pada ruang penghubung ini terdapat cermin berbingkai emas peninggalan Belanda yang disebut dengan Kaca Seribu.
3. Paviliun Sayap Kiri dan Sayap Kanan
Paviliun Sayap Kiri memiliki luas 511 meter persegi. Sementara Sayap Kanan lebih luas sedikit, yaitu 651 meter persegi.
Pada bangunan Sayap Kiri, terdapat dua ruangan yaitu Ruang Panca Negara dan Ruang Tidur serta Ruang Tengah.